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Le suivi génétique des loups

vendredi 29 mars 2019, par ONCFS

Le suivi des animaux sauvages par les techniques moléculaires fait aujourd’hui légion pour étudier l’évolution des populations dans leur milieu naturel. Son application au Loup n’est pas en reste. Cette technique, dite « non invasive » car ne nécessitant pas l’immobilisation de l’animal, est particulièrement intéressante pour suivre cette espèce difficilement observable. En effet, elle utilise des excréments, urines ou autres poils que les animaux laissent sur le terrain. Une nouvelle méthode du suivi génétique des loups en France a été ainsi mise au point pour à la fois contribuer à la détection de nouveaux sites de présence, mais aussi identifier les profils génétiques des loups présents en France et surveiller les taux d’hybridation avec le chien, sujet banal chez beaucoup d’espèces mais régulièrement polémique chez le Loup.

Un marché public pour la conduite des analyses génétiques sur la population de loups en France a été conclu entre le laboratoire Antagene et l’ONCFS pour la période 2018-2021. Le cahier des charges requiert l’identification de l’espèce et des lignées populationnelles, l’élaboration de cartes d’identité ADN individuelles et robustes par un génotypage sur 22 marqueurs microsatellites, et la caractérisation du potentiel caractère d’hybridation entre le loup et le chien. Les analyses se basent sur l’exploitation d’échantillons d’excréments, de poils, d’urine ou de sang collectés par le Réseau Loup/Lynx de surveillance patrimoniale de l’espèce.

En 2018, les 6 premiers mois ont été consacrés à un lourd travail de reprofilage des loups déjà identifiés sur les 10 dernières années avec une nouvelle résolution de génotypage. Ce travail fastidieux mais néanmoins incontournable permet d’assurer la continuité d’identification des animaux actuels avec ceux déjà identifiés historiquement dans la population. Des analyses courantes sur des échantillons actuels ont complété les sessions bimestrielles pour rester réactif sur l’identification de nouveaux secteurs de présence du loup.

Cette étape de calibration a également permis un travail de recherche important pour affiner le pouvoir de détection des hybrides en mesurant notamment la variabilité des probabilités d’assignation « Chien » ou « Loup », pour distinguer l’hybridation récente et active d’un héritage plus ancien.

Sur près de 1250 analyses conduites, 763 profils génétiques différents ont pu être été identifiés entre 2008 et 2018. Parmi ceux-ci, hormis les espèces non cibles, ressortent 53 chiens (Canis lupus familiaris) et 586 loups (Canis lupus lupus), tous de la lignée italo-alpine sauf 2 individus d’une lignée « w1 » retrouvée en Europe de l’est1. A noter que des tests réalisés sur des chiens de race « Chien-loup de Sarloos » et « Chien-loup tchécoslovaque » montrent que ceux-ci peuvent être porteurs d’un ADN mitochondrial de Loup (lignée « Europe de l’est » ancestrale à la race) mais leur profil génétique individuel les assigne clairement au groupe « Chien ». La méthode mise en oeuvre permet donc de bien différencier ces races génétiquement très proches du loup.

Les analyses d’hybridation menées sur les 586 profils génétiques Canis lupus lupus, donnent les résultats suivants :

  • 88,7% présentent un patrimoine génétique de loup, de lignée italo-alpine standard « w22 ».
  • 3,6% présentent un profil hybride de première génération F1 (tous Louve x Chien) parmi lesquels deux portées isolées, en Tinée (06) et Maurienne (73), rassemblent 13 de ces individus F1
  • 7,5% ont été identifiés comme porteurs d’un héritage « Chien » plus ancien

Un focus sur les données récentes (2017 et 2018) permet de mettre en évidence 4 hybrides F1 dont 2 sont morts en 2017, en Tinée (06) et en Maurienne (73). Les deux autres étaient encore détectés en 2017 au travers d’un dépôt d’urine et de fèces, respectivement en Maurienne (73) et dans le Vercors (26).

Un focus parmi 197 dépouilles permet d’identifier 7 hybrides F1 :

  • 2016 et avant : 2 par tirs en Tinée (06), 1 mort d’origine traumatique et 1 par tir en Maurienne (73) et 1 tir dans le Vercors (26)
  • Sur 2017 et 2018 : 1 tir en 2017 en Tinée2 (06),) et 1 collision en 2017 en Maurienne (73)

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